A hajátültetés (hajbeültetés, hajtranszplantáció) műtéti beavatkozás, így járhat szövődményekkel. Ezek előfordulása azonban ritka, és enyhe mértékű általában. Ez elsősorban a gyulladásos jellegű elváltozásokra vonatkozik és köszönhető a hajas fejbőr rendkívül jó vérellátásának. A gyulladások kis pattanásszerű elváltozások lehetnek a beültetett graftok mellett, melyek kiürítésük (egyszerű letörlésük) után spontán gyógyulnak. Ha a fedési terület bőrén bőrpír, kisebb duzzanat alakul ki, akkor külső kezelés, esetleg antibiotikum adagolása lehet szükséges, ezzel a gyulladás jól kezelhető és biztonsággal elmulasztható. Az időben és megfelelő módon végzett kezelés után a hajhagymák működése zavartalan, a későbbi hajnövekedés a felületes gyulladástól függetlenül a szükséges mértékben történik. Ritkán, egyes esetekben a beültetési vagy a vételi területen a meglévő hajszálak átmeneti ritkulása is előfordulhat, ezek a hajszálak azonban az átültetett hajjal egyidőben újra kinőnek. Ennek a jelenségnek a műtéti stressz az oka, és a fejbőr vérkeringésének regenerálódásával a helyzet spontán rendeződik.
Kellő gyakorlattal jól elkerülhető, de ritkán mégis előfordulhat (főleg ha több hajátültetés- hajbeültetés műtétre kerül sor), hogy az adóhely hege csíkvétel után esetleg szélesebb lesz, ekkor hegkorrekció jöhet szóba. Kis túlérzékenység vagy érzéketlenség, hajritkulás igen ritkán jelenkezhet a donor hegvonal mellett, de ez is teljesen regenerálódik 1-2 hónapon belül.
A graftok elhalása, nem megtapadása megfelelő kíméletes és kidolgozott technika alkalmazása mellett teljes mértékben elkerülhető. Szintén rendkívül fontos az elülső hajvonal természetes hatásának kialakítása, melyhez szükség van az operáló orvos megfelelő szintű felkészültségére. Ennek hiányában rendkívül zavaró lehet, ha a hajvonal nem éri el a kívánt természetes hatást. Elégtelen megjelenésű hajvonal is jól helyreállítható kisebb beavatkozással.
